„Ooparts“ sind uralte Relikte, die mit dem technologischen Stand der Zivilisation, die sie hervorgebracht haben, unmöglich zu erklären sind. Eines dieser geheimnisvollen Relikte ist der sogenannte „Kristallschädel“. In ihm schlummern unvorstellbare Kräfte, so entsetzlich, dass neben ihnen sogar die Wirkung von Atomwaffen verblasst. Als es einer Gruppe Neonazis gelingt, den Schädel in ihre Gewalt zu bringen, ist es die Aufgabe des hochbegabten Spriggan Yu Ominae, den skrupellosen Gegner zu stellen und das Relikt unschädlich zu machen.
