In einer dystopischen Zukunft ist die Erde ein Ödland, und die letzten Überlebenden leben in mobilen Festungen. Hiro, einst als Wunderkind gefeiert, scheitert an einem Eignungstest für die FRANXX-Roboter. Seine Begegnung mit der geheimnisvollen Pilotin Zero Two verändert sein Schicksal entscheidend.
Einheit 13 steht vor einer gefährlichen Herausforderung: Die Klaxosaurier bedrohen die Plantationen. Hiro ist entschlossen, sich den Monstern zu stellen, doch der Fluch des "Partner Killers" setzt ihm zu und gefährdet sein Leben. Ein weiterer Kampf mit Zero Two könnte fatale Folgen haben.
Hiro hat Glück, als er zusammen mit der mysteriösen Zero Two einen FRANXX steuern kann. Sein Wunsch, als Parasit zu leben, rückt näher, doch die Reise fordert ihren Tribut. Hiro steht vor einer folgenschweren Entscheidung, die sein Leben gefährdet, während der nächste Klaxosaurier-Angriff bevorsteht.