Die Charakterisierung der komplexen Interaktionen zwischen pathogenen, kommensalen und symbiotischen Bakterien und ihren Wirtsorganismen hat durch moderne molekularbiologische Techniken wie Polymerasekettenreaktion, Genomsequenzierung und In-situ-Hybridisierung große Fortschritte gemacht. Diese Erkenntnisse über die Genomorganisation ermöglichen interessante Einblicke in die Biologie und Phylogenie bisher nicht kultivierbarer Bakterien. Insbesondere werden die verschiedenen Wechselwirkungsstrategien von Mikroorganismen mit ihren Wirten aus der Pflanzen- oder Tierwelt aufgeklärt. Zudem werden die Evolutionsvorgänge im Reich der Mikroorganismen im Kontext der Genomik-Ära betrachtet. Die genetische Variabilität, die die Grundlage der Evolution bildet, beruht bei Prokaryoten hauptsächlich auf horizontalem Gentransfer, DNA-Umlagerungen und Punktmutationen. Die Beiträge reichen von der Analyse von Selektionsprozessen bei bioaktiven Molekülen bis hin zu pathogenetischen Prozessen in der Interaktion von Mikroben mit Pflanzen, Vertebraten und Nichtvertebraten. Anhand ausgewählter Beispiele werden Prozesse der Symbiose, des Kommensalismus und der Pathogenese beschrieben. Der aktuelle Wissensstand zu bakterieller Pathogenität und Symbiose wird aus der Perspektive verschiedener Wissenschaften diskutiert, darunter Evolutionsbiologie, Mikrobiologie, Infektionsbiologie, Biochemie, Biophysik, Molekularbiologie, Genetik, Zoologie und Botanik.
