Mutationen in der Aminosäuresequenz von DNA-bindenden Proteinen, wie Transkriptionsfaktoren, sind für viele Krankheiten verantwortlich. Diese Mutationen können die DNA-Bindung der Faktoren verändern und somit die Genexpression beeinflussen. Das Verständnis der DNA-Bindungs-Pathogenität ist entscheidend für die Erforschung verschiedener Krankheiten. Um die DNA-Bindekinetik an spezifischen Genomstellen zu analysieren, ist eine gezielte Markierung bestimmter Gene hilfreich. In dieser Arbeit wurden neue Ansätze zur spezifischen Genommarkierung in lebenden Zellen und Organismen entwickelt, sowie erste Charakterisierungsexperimente durchgeführt, die als Grundlage für die Verbesserung bestehender Markierungswerkzeuge dienen können. Zudem wurde der Einfluss elektrostatischer Wechselwirkungen von Proteinoberflächen als möglicher krankheitsrelevanter Mechanismus identifiziert. Es zeigte sich, dass Mutationen von positiv geladenen Aminosäuren in der DNA-Bindetasche der Endonuklease G die spezifische Bindung verringern. Außerdem wurden die Peptide Ku3 und Sk3 als (Teil-)Inhibitoren der EndoG-Chromatin-Bindung identifiziert. Bei der AR-Q63-Variante wurde eine reduzierte Anzahl spezifischer Chromatin-Interaktionen nachgewiesen. Für eine Punktmutation im IRF4 konnte eine erhöhte DNA-Affinität gemessen werden, während eine andere IRF4-Mutante wahrscheinlich durch erleichterten Kernimport wirkt.
