Lipophilisierte Oligonucleotide

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Mit der Synthese N(3)-prenylierter und 2',3'-O-ketalisierter Pyrimidinbasen Uridin und Methyluridin wurden Nucleolipid-Bausteine dargestellt, die auch als terminale Kopfgruppen eines Oligonucleotid-Dodecamers den lipophilen Charakter dieser Oligonucleotid-Sequenz erhöhten. Für den Einsatz solcher Lipo-Oligonucleotide (LONs) in einer vereinfachten DNA/RNA-Analytik wurde eine Vielzahl von Lipo-Oligonucleotiden mit diversen Nucleolipid-Kopfgruppen synthetisiert und auf ihr Einlagerungsverhalten in künstliche Lipid-Bilayer fluoreszenz-spektroskopisch untersucht. Abhängig von der Struktur, der Länge und der Anzahl der C-Atom-Ketten dieser lipophilen Anker-Bausteine wurden die Geschwindigkeit und die Festigkeit der Verankerung im Lipid-Bilayer beeinflusst. Die Hybridisierung von LONs mit komplementären Oligomeren an Lipidmembranen wurde nicht nur über einen kovalent gebundenen Cy5-Fluorophor am Gegenstrang nachgewiesen, sondern auch über den DNA-Interkalator SYBR Green I. Diese Ergebnisse und die spontane Akkumulation der LONs an flüssig-flüssig Grenzflächen stützen den Einsatz von Lipo-Oligonucleotiden als Ziel-Oligomere in einem neuartigen DNA/RNA-Nachweisverfahren an Phasengrenzen.