Synthese und Evaluierung von Oligonucleotiden mit kovalent gebundenen Minor Groove Bindern

Die Synthese von 1'-Cyano-2'-deoxynucleosiden mit einer Pyrimidin-Kernbase erfolgte unter Verwendung einer Deoxyribose, wodurch sowohl das α- als auch das β-Anomer für biologische Tests zugänglich war. Von den 1'-Cyanonucleosiden ausgehend wurde an der Synthese von Phosphitamid-Bausteinen gearbeitet, die an der 1'-Position eine Aminomethylgruppe tragen. An ein DNA-Octamer, dass das 1'-Aminomethylnucleotid im Inneren seiner Sequenz trug, wurden dann unter Mikrowellenstrahlung eine Reihe von Carbonsäuren gekuppelt und die Stabilität der resultierenden Duplexe bestimmt. Das Polypeptid-Analogon (ßAla)5Py3Ac wurde auf fester Phase synthetisiert. Dieser Minor Groove Binder wurde auf ein Undecamer gekuppelt, das am 5'-Terminus einen 1'-Aminomethylrest trug. Ein UV-Schmelzkurvenexperiment zeigte eine Erhöhung der Schmelztemperatur um 24.7°C. Dies legt den Schluss nahe, dass der Substituent (ßAla)5Py3Ac in der kleinen Furche eine Haarnadel-Struktur ausbildet und dadurch den Duplex stabilisiert.